Българската асоциация за европейски изследвания има партньорски договори със следните университети:
Университет за национално и световно стопанство
Медицински университет „Проф. д-р Параскев Стоянов“ – Варна
БАЕИ поддържа тесни партньорски отношения също с:
European Community Studies Association (ESCA)
Европейски информационен център – Велико Търново
Българска асоциация по политически науки
Дипломатически институт към МВнР
Катедра „Европеистика“, Философски факултет, Софийски университет „Св Климент Охридски“
Катедра „Политология“, Философски факултет, Софийски университет „Св. Климент Охридски“
Катедра „Международни отношения“ УНСС
Великотърновски университет „Св. Кирил и Методий“
Югозападен университет „Неофит Рилски“
Българска асоциация за европейско право
Дирекция „Координация по въпросите на Европейския съюз“, Министерски съвет